Fakultas Pertanian UMSU didirikan pada tahun 1977 dengan mengasuh tiga jurusan yaitu Sosial Ekonomi Pertanian (SEP), Agronomi (AGR) dan Proteksi Tanaman yang dikukuhkan dengan Piagam Pendirian Perguruan Tinggi Muhammadiyah Nomor 018/III-SU77/79 tanggal 06 Ramadhan 1399 H bertepatan 30 Juli 1979 yang dikeluarkan oleh Majlis Pendidikan Pengajaran dan  Kebudayaan Pimpinan  Pusat Muhammadiyah.

Kemudian pada tanggal 22 Januari tahun 1981 status TERDAFTAR untuk Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian (SEP) disahkan dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan R.I. Nomor 017/0/1981.

Jurusan Agronomi dan Proteksi Tanaman setelah berubah menjadi Jurusan Budidaya Pertanian (BDP), dan Hama Penyakit Tumbuhan (HPT) memperoleh status TERDAFTAR dengan Keputusan Mendikbud Nomor 0607/01/1984 tertanggal 29 Nopember 1984. Pada tahun akademik tersebut juga telah dilaksanakan Sistem Satuan Kredit Semester (SKS) yang berlaku bagi semua mahasiswa di Fakultas Pertanian UMSU.

Pada tahun 1986 keluar keputusan Mendikbud RI Nomor 0387/0/1986 tentang Penataan Kembali Penyesuaian Jalur, Jenjang dan Program Pendidikan Serta Nama Unit / Fakultas / Jurusan / Program Studi Status Terdaftar pada Perguruan Tinggi Swasta di Lingkungan Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah I, sehingga Fakultas Pertanian UMSU dengan ketiga jurusannya berubah menjadi Jurusan Budidaya Pertanian (BDP) dengan Program Studi Agronomi, Jurusan Hama Penyakit Tumbuhan (HPT) dengan program studi Hama dan Penyakit Tumbuhan, dan Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian (SEP) dengan program studi Sosial Ekonomi Pertanian, untuk jenjang Strata-1 (S1).

Tahun Akademik 1987/1988 Fakultas Pertanian UMSU membuka jurusan baru yaitu Jurusan Teknologi Pertanian dengan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian (THP).  Status TERDAFTAR diperoleh tanggal 30 Mei 1989 melalui Keputusan Mendikbud R.I. Nomor 031/0/1989.

Tahun 1987 dengan keputusan Mendikbud R.I. Nomor 0380/O/1987 memberikan status DIAKUI untuk Jurusan Budidaya Pertanian (BDP). Sedangkan dua jurusan lainnya yaitu Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian (SEP) dan Jurusan Hama Penyakit Tumbuhan (HPT) memperoleh status DIAKUI pada tanggal 30 Mei 1989 dengan Keputusan Mendikbud R.I. Nomor 0316/0/1989.

Barulah dengan keputusan Mendikbud R.I. Nomor 042/O/1990 tertanggal 17 Januari 1990, dan Nomor 0318/O/1991 tertanggal 11 Januari 1991 menyatakan Jurusan Budidaya Pertanian, Sosial Ekonomi Pertanian, dan Hama dan Penyakit Tumbuhan memiliki status DISAMAKAN.

Pada tahun yang sama terbit keputusan Mendikbud R.I. Nomor 0235/0/1991 tanggal 01 Mei 1991 untuk status DIAKUI bagi Jurusan Teknologi Pertanian dan akhirnya berkat rahmat Allah SWT serta hasil kerja keras seluruh sivitas akademika Fakultas Pertanian UMSU maka Jurusan Teknologi Pertanian dengan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian memperoleh status DISAMAKAN dari Dirjen DIKTI RI dengan Keputusan Nomor 443/Dikti/Kep/1995 tanggal 03 Nopember 1995.

Tahun akademik 1995/1996, kurikulum Fakultas Pertanian UMSU bagi semua program studi disesuaikan dengan Kurikulum Nasional Program Sarjana Ilmu Pertanian, maka program studi Budidaya Pertanian berubah kembali menjadi Program Studi Agronomi sedangkan jurusan lainnya tetap sebagaimana biasa.

Seiring dengan perubahan kebijakan pemerintah yang meniadakan peringkat status perguruan tinggi swasta dari status konvensional seperti selama ini (dengan memakai peringkat terdaftar, diakui dan disamakan) dan kemudian menggantinya dengan model akreditasi (terakreditasi dan tidak terakreditasi), maka Fakultas Pertanian UMSU telah mengikuti program akreditasi tersebut pada tahun 1998/1999.

Kemudian pada tahun akademik 1998/1999 semua program studi di Fakultas Pertanian UMSU telah TERAKREDITASI sesuai keputusan BAN-PT Depdikbud R.I No. 001/BAN-PT/Ak-I/VIII/1998 tanggal 11 Agustus 1998 untuk Program Studi Agronomi, Nomor 020/BAN-PT/Ak-IV/VIII/2000 untuk program studi Hama dan Penyakit Tumbuhan, Nomor 024/BAN-PT/Ak-IV/IX/2000 untuk program studi Teknologi Hasil Pertanian dan Nomor 022/BAN-PT/Ak-IV/VIII/2000 untuk Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian dimana semua program studi tersebut memperoleh status akreditasi B.

Selanjutnya lima tahun berikutnya diadakan reakreditasi untuk keempat program studi, ternyata memperoleh hasil yang cukup menggembirakan dimana semua program studi memperoleh nilai akreditasi B dari BAN PT melalui Surat Keputusan BAN PT Depdiknas RI Nomor 12/BAN-PT/Ak-VII/S1/IV/2004 dan Nomor 026/BAN-PT/Ak-IX/S1/I/2006.

Berdasarkan keputusan Dirjen Dikti Departemen Pendidikan Nasional R. I. No.: 163/DIKTI/KEP/2007 tentang penataan dan kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi maka Program Studi Agronomi dan Ilmu Hama dan Penyakit Tanaman menjadi Program Studi Agroekoteknologi (AET), Program Studi Agrobisnis/Sosial Ekonomi Pertanian menjadi Agribisnis (AGB) dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian menjadi Ilmu dan Teknologi Pangan (ITP). Untuk Fakultas Pertanian UMSU penataan Program Studi tersebut berlaku efektif mulai Tahun Akademik 2009/2010.

            Fakultas Pertanian UMSU sejak berdirinya pada tahun 1977 diselenggarakan di kampus I Jalan Gedung Arca Nomor 53 Medan. Dalam rangka efisiensi dan efektifitas pelayanan kepada mahasiswa maka sejak tanggal 18 Agustus 2005 Gedung Perkuliahan Fakultas Pertanian UMSU dipindahkan ke Kampus III Jalan Mukhtar Basri Nomor 3 Medan 20238.